Не совсем стандартный вариант балансировки ротора, не очень точный, но для данной задачи ничего другого не нашел. Вибрации остались, но не такие сильные как до балансировки. Скорее всего подшипникам не нравятся такие большие обороты. Так же есть подозрение что от центробежной силы резиновый магнит плющится не равномерно и создает дисбаланс.