發炎性腸道疾病的治療，除了改善症狀，更希望達到腸黏膜癒合的目標，因為大腸、小腸發炎時，可能產生膿瘍，漸漸形成瘻管，或者是在反覆發炎之後，腸道可能變得狹窄，而且長期發炎，也會使癌症風險增加。因此治療的目標就是讓腸道不要反覆發炎，並使腸黏膜能夠癒合，才能夠避免後續併發症，而進展到需要手術的狀況。
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