故事發生在1999年，那個不詳的世紀之末。坐落在深山之中，由於不斷的發生靈異事件而被稱爲“超自然學院”的私立學校裡，迎來了它年輕強勢的新一任校長——神代瑪雅（日笠陽子 配音）。絶對不相信有超自然力量存在的瑪雅，此行便是爲了調查父親裡奇的死因而來，這樣的她，遇見了一位名叫內田文明（水島大宙 配音）的神秘男子，剛剛登場的內田，便説出了讓瑪雅吃驚的話語，他居然來自未來的2012年！
這個形跡可疑的男子的話能夠相信嗎？2012年的世界是怎樣的景象？一連串意外讓瑪雅逐漸相信了內田的説辭，而內田究竟爲何而回到過去，這原因也漸漸的浮出了水面
《世紀末超自然學院》上半部解説：https://youtu.be/CYlms6EBOyQ
視頻中引用的音樂：
05:28 Hikaru Nara (Soft Version)cover by Kenzie Smith Piano
https://www.youtube.com/watch?v=Ji-SfAEGVsg
17:15 Rui Theme鬼灭之刃Ep21 Cover by Yu-Lun Chou
https://www.youtube.com/watch?v=HiiUGWDRHPA
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