รองเท้านารีเหลืองปราจีน มีลักษณะเป็นพุ่มต้นกว้างประมาณ 20-25 ซม. สูงประมาณ 10-20 ซม. ใบกว้าง 2.5-3.5 ซม. ยาว 10-20 ซม. ใบด้านบนเป็นลายสีเขียวสลับเขียวอ่อน ใต้ท้องใบมีจุดประสีม่วงเล็กน้อย ดอกกว้างประมาณ 3.5-7 ซม. ก้านช่อดอกค่อนข้างสั้นประมาณ 5-7 ซม. ช่อหนึ่งมี 1-2 ดอก กลีบบนและกลีบในสีเหลืองมีจุดประสีม่วงกระจายทั่วกลีบ ออกดอกช่วงเดือนมีนาคมถึงพฤษภาคม