為了拯救小狗而遭受惡魔黨猛烈攻擊的大明，腦膜裡卡了一塊碎鐵片，性命危在旦夕，南宮博士竭盡全力想取出鐵片卻徒勞無功。就在此時，惡魔黨再度展開了攻擊！科學小飛俠雖然少了一人，但是為了維護和平，還是得立即駕著鳳凰號出動；面對惡魔黨的土龍坦克，無法施展火鳥功的科學小飛俠，陷入了生死一瞬間的空前危機……