Στον υπόγειο χώρο του μουσείου περιλαμβάνονται μόνιμες και περιοδικές εκθέσεις όπως η εκθεση "Για μια φλόγα που καίει-Αρχαιότητες και Μνήμη, Θεσσαλονίκη & Μακεδονία 1821-2021"
Ο Εσπρί Μαρί Κουζινερύ, συλλέκτης νομισμάτων αναφέρεται σε ιστορικά στοιχεία στο έργο του "Ταξίδι δια μέσου της Μακεδονίας” το οποίο πραγματοποίησε το 1793, και το εξέδωσε στο Παρίσι το 1828.
Τον Ιούλιο του 2021 εγκαινιάστηκε θεματική έκθεση για τον εορτασμό για τα 200 χρόνια από το ξέσπασμα του αγώνα για την εθνική ανεξαρτησία , εκτίθεται στολή αρματωλού να φοράει την Φερμελη ,μάλλινο στολισμένο γιλέκο ,Φέριο , χαρακτηριστικό φέσι , λευκή μακρυμάνικη πουκάμισα , χρωματιστό ζωνάρι που κρατούσε την πιστόλα και το μαχαίρι, σκάλτσα δηλαδή χοντρό καλσόν , φουστανέλα , καθώς και τα πασίγνωστα τσαρούχια.
Σημαντικά ευρήματα δείχνουν την διακίνηση εμπορευμάτων από τα νησιά του Αιγαίου προς την ηπειρωτική Ελλάδα για κατασκευή χρηστικών αλλά και διακοσμητικών αντικειμένων όπως ηφαιστειακό γυαλί, Οψιανός από την Μήλο και την Νίσυρο για κατασκευή λεπίδων , αιχμές βελών , ξυράφια και ξύστρες , Όστρεο από νησιά του Αιγαίου για βραχιόλια , χάντρες και άλλα κοσμήματα
Παρουσιάζονται ευρήματα από προϊστορικές τοποθεσίες της Μακεδονίας όπως ακριβή εκμαγεία κρανίων του Μακεδονικού Ουρανοπιθήκου, ενός πρώιμου ανθρωποειδούς 10.000.000 ετών , αλλά και το εκμαγείο του κρανίου του αρχανθρωπου των Πετραλώνων ,200.000 ετών.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Θεσσαλονίκης στεγάζεται από το 1962 σε κτήριο του Πάτροκλου Καραντινού που έχει κηρυχθεί ως διατηρητέο μνημείο νεότερης κληρονομιάς.
Στον εξωτερικό χώρο του μουσείο συναντούμε δύο καταπληκτικές σαρκοφάγους του 2ου μ.Χ αιώνα.
Στην πρώτη περιμετρικά φαίνονται ανάγλυφα , σκηνές μάχης μεταξύ Αμαζόνων και Ελλήνων όπου οι αμαζόνες πεζές και έφιππες , φορούν κοντό χιτώνα που αφήνει εκτεθειμένο το δεξί στήθος .
Στην δεύτερη υπάρχουν παραστάσεις απο μάχες Ελλήνων και Τρώων σε ξηρά και θάλασσα με απεικόνιση πιθανόν του Έκτορα και του Περιφήτη αλλά και σκηνή από το κυνήγι του Καλυδώνιου κάπρου.
Στην άκρη της πρόσοψης του μουσείου υπάρχει η σύνθεση των μαγεμένων της Θεσσαλονίκης που ηταν μια ομάδα γλυπτών του 2ου αιώνα μ.Χ. που διακοσμούσαν μνημειακό κτήριο μήκους 15 και ύψους 13 μέτρων στην ρωμαϊκή αγορά της Θεσσαλονίκης.
Αποτελούνταν από πέντε στήλες κορινθιακού ρυθμού με τις τέσσερεις από αυτές να διαθέτουν αμφίπλευρα γλυπτά.
Απεικονίζονται σε πιστό αντίγραφο οι μορφές της Νίκης , της Αύρας , Διόσκουρου και του Γανυμήδη από την μια πλευρά αλλά και μορφές της Λήδας , της Αριάδνης Του Διονύσου και μιας Μαινάδας
Τα πρωτότυπα αγάλματα αποσπάστηκαν το 1864 από τον Γάλλο Εμμανουέλ Μιλλέρ και τοποθετήθηκαν στο Λούβρο, ενώ το μνημείο καταστράφηκε και τα ίχνη του χάθηκαν.
Εξωτερικά του μουσείου η είσοδος είναι ελεύθερη και συναντούμε πληθώρα σημαντικών ευρημάτων όπως μαρμάρινη ανάγλυφη σαρκοφάγος του 3ου αιώνα μΧ με εγχάρακτη την αυστηρή σύσταση να μην μετακινηθεί ή ανοιχθεί γιατί θα τιμωρηθεί με πληρωμή πρόστιμου στο ιερό της πόλης .
Η υπαίθρια έκθεση έχει την επωνυμία «Μνήμη και Λίθοι» όπου συναντούμε , λίθινα μνημεία διαφόρων υλικών κυρίως της Θεσσαλονίκης αλλά και άλλων περιοχών της Μακεδονίας, με χρονολόγηση κυρίως από τον 1ο έως τον 7ο αιώνα μ.Χ. αλλά και μεταγενέστερων περιόδων κάτι που μαρτυρά την ποικιλία χρησιμότητας του λίθου σαν υλικό .
Η έκθεση στον έξωτερικο χώρο είναι προσβάσιμη σε άτομα με κινητικά προβλήματα αλλά και με προβλήματα όρασης.
At museum's basement are included permanent and periodic exhibitions such as the exhibition "For a burning flame-Antiquities and Memory, Thessaloniki & Macedonia 1821-2021"
Espri Marie Cousinery, coin collector, refers to historical data in his work "Journey through Macedonia" which he made in 1793, and published in Paris in 1828.
In July 2021, a thematic exhibition was inaugurated to celebrate the 200th anniversary of the outbreak of the struggle for national independence.
Important findings show the movement of goods from the Aegean islands to mainland such as volcanic glass, Opsianos from Milos and Nisyros for blades, arrowheads, razors and sharpeners, Ostreos from the islands for bracelets, beads and other jewelry
Finds from prehistoric sites in Macedonia are presented, such as accurate skulls of the Macedonian Ouranoupithicos, an early humanoid, and the 200,000-year-old skull of the ancient Petralona skull.
The Archaeological Museum of Thessaloniki has been housed since 1962 in a building of Patroclus Karantinos.
In the exterior of the museum we meet two amazing sarcophagous of the 2nd century AD.
Also we see the enchanted Kores which was a group of sculptures of the 2nd century AD.
The figures of Niki, Aura, Dioscurus and Ganymede on one side are depicted in a faithful copy, but also the figures of Leda, Ariadne of Dionysus and a Maenad.
The open-air exhibition is called "Memory and Stones" where we find stone monuments, mainly from Thessaloniki but also from other parts of Macedonia.
Outdoor exposure is accessible to people with mobility and vision problems.