El juego inicia con una escena de Coco terminando su reciclador de mantequilla cuando Coco le pide a Crash ir por una Herramienta. Cuando regresa ve el dirigible de Cortex y a Coco y Aku Aku siendo secuestrados por Cortex. En un intento por salvarlos Crash arroja un proyectil y Aku Aku cae en lo profundo del bosque, después de que Crash vaya a por él y lo salve, este tiene que enfrentarse a todo tipo de mutantes y enemigos como N. Gin o Tiny hasta llegar a la base de Cortex, tras la pelea con Tiny descubre que Nina, sobrina de Cortex es ahora malvada y que ha despedido a su tío. Crash se enfrenta a Nina y su monstruo Aracnina, y tras derrotarla vuelven a su hogar donde descongelan a Crunch quien fue congelado al principio por Cortex y su dirigible.
Jugabilidad
El juego ofrece una jugabilidad más compleja, pues Crash deja de lado los viejos ataques y utiliza los puños y pies para defenderse y atacar.
Móvil
La versión móvil tiene una trama igual con la única diferencia radica en los gráficos y el sprite de crash (es igual al de la versión de GameBoy Advance).
El juego tambièn tiene una versiòn de Nintendo DS. Al igual que con la version de GameBoy Advance tiene la misma historia pero con las diferencias de los gráficos y el sprite de crash.
En las dos versiones moviles dingodile es un jefe.