Lúc Hư vân Đại sư 115 tuổi, vì bất mãn trước sự đàn áp tín ngưỡng nhân dân của chính quyền đương thời, nên không tiếp nhận lời mời của chính phủ, cự tuyệt đảm nhiệm chức Hội trưởng Hội Phật giáo, vĩnh viễn ở tại Giang Tây, Vân Cổ tự cùng các đồ đệ tu hành.
Hư Vân Đại sư khi về già thường hay mắc bệnh vặt, chủ yếu là những vết thương cũ ở “sự kiện Vân Môn” tái phát. Đôi lúc đau đến vô cùng, ông đành nằm trên ghế rên rỉ. Kỳ lạ là, chỉ cần có người đến tìm, ông sẽ để chân xếp bằng mà ngồi nói chuyện cùng người ta, thậm chí nói chuyện đến mấy tiếng đồng hồ. Chúng đồ đề nếu ám chỉ người khách kết thúc sớm một chút, để ông nghỉ ngơi, sẽ thấy Hư Vân Đại sư không vui. Đợi khách đi rồi, đồ đệ hỏi ông: “Không phải vừa nãy thầy còn đau không chịu nổi sao, sao một hồi lại không đau nữa?” Hư Vân Đại sư nói: “Đây là nghiệp chướng thôi, vì chẳng ai có thể quản được ta, ta muốn đứng dậy là đứng dậy, không muốn đứng thì không đứng dậy”.
Năm 1959, Hư Vân Đại sư 120 tuổi. Đệ tử trong ngoài nước muốn tổ chức mừng thọ Đại sư, nhưng đại sư ngăn cản, bởi trong tâm ông vẫn đang thấp thỏm việc hồ Minh Nguyệt của Vân Cư tự còn chưa xây xong, tháp Hải Hội mới xây được một nữa. Lúc này, Đại sư lại mắc bệnh mãn tính, tiêu hóa không tốt, sớm tối chỉ có thể ăn một chén cháo. Đại sư cho tín đồ biết, chùa Chân Như xây xong thì không cần quyên góp nữa. Tháng 4, Đại sư chụp hình trong chuồng trâu mà ông đã từng ở, lại chọn ra một tấm ưng ý nhất rửa thêm gửi cho những tín đồ và thân hữu có đóng góp công đức.
Tháng 8, trước cửa phòng của lão hòa thượng có dán tờ giấy “Hôm nay không tiếp khách“.
Tháng 10, bệnh dần dần nặng, lúc thở gấp lúc ho, mặc dù đã tiến nhập vào trạng thái hôn mê, nhưng vẫn cứ muốn tự mình xử lý chuyện của mình.
Tháng 12, mọi người thấy tình huống không tốt, đều chạy đến vấn an lão hòa thượng. Lão hòa thượng rất bình tĩnh nói: “Cho tới bây giờ các ngươi vẫn còn làm chuyện thế tục, hãy nhanh đến đại điện niệm Phật cho ta!”
Đệ tử phương trượng trong chùa thỉnh Hư Vân Đại sư khai thị, lão hòa thượng chậm rãi nói: “Cần tu giới định tuệ, dập tắt tham sân si“. Ngừng một chút còn nói: “Chính niệm chính tâm, dưỡng xuất tinh thần không sợ sệt, độ nhân độ thế. Các ngươi vất vả rồi, hãy nghỉ sớm đi!”. Câu “dưỡng xuất tinh thần không sợ hãi” này, rõ ràng muốn nói rằng tinh thần Phật Pháp không cúi đầu trước tà ác!
Ngày 13/10, lão hòa thượng đả tọa, hai gò má ửng đỏ. Đại sư hợp chưởng cùng mọi người bảo họ giữ gìn sức khỏe, rồi tạ thế lúc 120 tuổi, đồ đệ an táng tại Hải Hội tự ở núi Vân Cư.
Hư Vân Đại sư phẩm hạnh đoan chính, Phật pháp cao siêu, chính là Đại đức Phật môn! So với Triệu Phác Sơ cùng thời đại, thực sự cách biệt như trời với đất.