Para sustituir a la ya poco funcional cárcel de La Acordada que se hallaba frente a La Alameda, se eligió el lugar de Belén para una nueva prisión a la que se trasladaron a los reos en enero de 1863.
Al inicio, la prisión tenía un cupo máximo de 600 reclusos; para 1879 había 2,000, entre ellos 300 mujeres, y hacia 1890 eran 7,000. Hubo incluso una sección para infractores menores de edad.