Pain, o líder da organização criminosa Akatsuki, invade a Vila Oculta da Folha com o objetivo de capturar Naruto, que é o jinchuuriki da Raposa de Nove Caudas. Motivado por sua crença distorcida de que a dor é o caminho para a paz, Pain deseja reunir todas as Bestas com Cauda para criar uma arma que ele acredita que deterá futuras guerras, impondo medo e obediência ao mundo. Ao entrar na vila, Pain é recebido pela Hokage, Tsunade, que tenta proteger seu povo, mas acaba impotente diante do poder destrutivo do inimigo. Pain utiliza suas seis "encarnações", conhecidas como os Seis Caminhos de Pain, para atacar Konoha. Cada caminho possui habilidades específicas, desde o poder de absorver jutsus até a capacidade de reviver os outros corpos. Pain desencadeia uma devastadora sequência de ataques, destruindo edifícios e esmagando a resistência dos ninjas da vila. No auge da destruição, ele utiliza o poderoso jutsu Shinra Tensei, uma técnica devastadora que reduz quase toda Konoha a escombros. Naruto retorna à vila. Ele chega em cima de um dos sapos gigantes, acompanhado por Shima e Fukasaku, dois sapos sábios de Myoboku que o treinaram no modo Sábio. Ao ver sua vila destruída, Naruto sente uma profunda dor e determinação para derrotar Pain e proteger as pessoas que ama. Além disso, o seu treinamento no modo Sábio lhe deu habilidades avançadas que equilibram sua energia física e espiritual, aumentando suas percepções e suas capacidades físicas. No começo, ele se mostra habilidoso, utilizando o modo Sábio para desviar dos ataques e contra-atacar com uma força surpreendente. Ele derrota rapidamente o Caminho Animal, que invoca criaturas gigantescas e perigosas, e também consegue lidar com o Caminho Humano, que consegue arrancar a alma de seu alvo. Naruto é auxiliado pelos sapos sábios e também pela inteligência estratégica de Shikamaru, que fornece informações sobre os poderes de Pain. Apesar de seu avanço, Naruto começa a sentir o peso da batalha. A habilidade de absorção de chakra do Caminho Preta e o poder de repelir ataques do Caminho Deva apresentam grandes desafios. Ao enfrentar o Caminho Deva, responsável pelo Shinra Tensei e Bansho Ten'in (Atração Universal), Naruto percebe que precisa de uma estratégia cuidadosa. Ele tenta enganar Pain usando seus clones das sombras e combinações de jutsus. No entanto, após um erro, ele perde o modo Sábio temporariamente e é capturado pelo Caminho Preta, que começa a drená-lo. Hinata Hyuga intervém, ignorando o perigo e expressando seu amor por Naruto. Ela é brutalmente derrotada, e Naruto, ao ver Hinata gravemente ferida, perde o controle e permite que a Raposa de Nove Caudas tome o comando. Seu chakra vermelho e feroz envolve seu corpo, e ele começa a atacar Pain com uma fúria incontrolável, chegando a formar até seis caudas. Pain tenta dominar essa força com o Chibaku Tensei, uma técnica que cria uma esfera negra capaz de atrair e aprisionar tudo ao seu redor. A medida que o corpo de Naruto é sugado e comprimido, ele quase perde totalmente sua humanidade para a Raposa de Nove Caudas. No entanto, dentro de sua mente, Naruto é acalmado por uma aparição de seu pai, Minato Namikaze, o Quarto Hokage, que sela novamente o poder da Raposa e encoraja Naruto a lutar com suas próprias forças. Naruto, agora em controle de si, se liberta e volta ao modo Sábio para enfrentar o Caminho Deva, o último que resta. Após uma batalha intensa, Naruto consegue enganar Pain utilizando clones das sombras e estratégia. Ele se aproveita do curto intervalo de tempo necessário para o Caminho Deva recarregar sua habilidade de repulsão e, em um momento decisivo, ataca com um poderoso Rasengan, derrotando o corpo final de Pain.