Até o século XVI, a região era habitada pelos índios puris. A partir de então, a região foi ocupada por bandeirantes e aventureiros que demandavam a baixada pelos afluentes da margem esquerda do Rio Paraíba do Sul. A atividade econômica predominante passou a ser a criação de gado, que se desenvolveu em fazendas de grandes extensões.
Por volta de 1830, instalou-se, na área, o desbravador José de Lannes Dantas Brandão, com iniciativas que passaram a atrair população para o núcleo pioneiro do futuro município. Lanes chegou à região após sua deserção da milícia do exército. Em 1834, se estabeleceu num lugar que foi denominado Porto Alegre. Pelos serviços de colonização, foi perdoado pelo governo, vindo a ser morto, no entanto, por seus escravos em 1852.
A partir do final do século XIX, com o advento da economia cafeeira, a colonização se efetuou de forma rápida e uniforme. Em 24 de novembro de 1885, o Decreto 2 810 elevou a Freguesia de Nossa Senhora da Natividade de Carangola (um dos primeiros nomes da cidade) à categoria de Vila de Itaperuna, levando esse nome por ser passagem para se chegar à Pedra Elefantina, localizada na divisa estadual de Minas Gerais com Rio de Janeiro; entre os municípios de Porciúncula e Antônio Prado de Minas.
Em 1887, foi criada a freguesia de São José do Avaí, nome em homenagem às armas brasileiras na Guerra do Paraguai. Foram doados quinze alqueires de terra para patrimônio dessa vila pelo senhor Jaime Porto. A povoação foi elevada à categoria de vila em 1887, com a denominação de São José do Avaí, favorecida pela posição geográfica de fácil acessibilidade a Campos dos Goitacases, reforçada posteriormente pela ligação ferroviária. A cidade teve o núcleo inicial em torno da linha da estrada de ferro, à margem esquerda do Rio Muriaé. Hoje, ambos os lados do rio estão ocupados pela malha urbana.
A área experimentou crescimento regional, concomitante à ampliação de sua importância administrativa e, em 1889, foi elevada à categoria de cidade, não fazendo mais parte do município de Campos dos Goytacazes, com o nome de Itaperuna, assim Campos dos Goytacazes perdeu a metade de seu território. Em 10 de maio de 1889, foi feita a primeira eleição para a câmara dos vereadores, sendo a vitória dos republicanos, que tomaram posse no dia 4 de julho do mesmo ano, sendo, portanto, a primeira câmara republicana do país, em pleno regime monárquico, regime esse que viria a ser desbancado pelo marechal Deodoro da Fonseca em 15 de novembro desse mesmo ano. Em 6 de dezembro de 1889, foi a vila de São José do Avaí transformada em município de Itaperuna, sendo criada sua respectiva comarca.
O desenvolvimento da economia cafeeira na área foi responsável pela concentração de atividades comerciais e de serviços na cidade de Itaperuna, que passou a desempenhar funções de centro sub-regional do nordeste fluminense. A cultura cafeeira foi um grande destaque na economia da cidade por mais de quatro décadas, tornando-a, em 1927, a maior produtora nacional.
O declínio da atividade cafeeira fez com que a região passasse a sofrer fortes efeitos regressivos. A pecuária de corte desenvolveu-se, então, voltada para o abastecimento dos grandes matadouros e frigoríficos, desenvolvendo-se, posteriormente, a produção leiteira, estimulada pela presença da fábrica de leite em pó Glória na sede municipal.
A área municipal, atualmente, não abrange a mesma base territorial da época da criação, que se estendia aos atuais municípios de Laje do Muriaé, Natividade e Porciúncula, porém sua importância permanece na região. Do território original do município de Itaperuna, foram desmembrados os seguintes municípios: Bom Jesus do Itabapoana em 1938, Natividade e Porciúncula em 1947 e Laje do Muriaé em 1962, ficando Itaperuna com seu atual contorno.
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